中央研究院 生物化學研究所

研究領域與專長

我們的研究專注於細菌生長分裂與形態生成，這些是維持細菌生命的核心過程。透過結合細胞尺度的觀察與分子尺度的機制解析，我們希望揭示這些維持生命運作的基本原理。相關成果可揭示防治細菌感染的潛在標的與策略的學理基礎。以下為目前的研究主題：

(1)代謝作用如何調控細菌的生長與分裂     
      細菌的生長和分裂狀態決定形態的生成，與代謝作用之間的協同可能是細胞生理上的固有特性，用以提升對生存環境的適應性。因此，我們研究代謝酵素與細胞生長和分裂之間在功能上的偶合現象。

(2)建立量化並預測壓力下細胞壁生長的平台     
      細菌在環境壓力下的存活，需仰賴肽聚醣（peptidoglycan, PG）代謝、細胞壁結構完整性與細菌形態之間的緊密互動。我們預期量化細菌形態作為肽聚醣重塑的指標，進而連結壓力適應期間的肽聚醣重塑作用機制，推演可行的抗生素療法。

學經歷

• 1996 – 1999   博士, 生物化學系, 英國劍橋大學
• 1992 – 1994   碩士, 植物病蟲害學系, 國立臺灣大學
• 1988 – 1992   學士, 植物病蟲害學系, 國立臺灣大學

• 2014 – 迄今   副研究員, 中研院生化所
• 2006 – 2014   助研究員, 中研院生化所
• 2004 – 2006   講師, 美國康乃迪克大學健康中心分子生物微生物及結構生物學系
• 1999 – 2003   博士後研究, 美國康乃迪克大學健康中心分子生物微生物及結構生物學系

主要著作

Growth-dependent concentration gradient of the oscillating Min system in Escherichia coli.  
Parada CM, Yan CC, Hung CY, Tu IP, Hsu CP, Shih YL  
Journal of Cell Biology (2025)

Structure of the heterotrimeric membrane protein complex FtsB-FtsL-FtsQ of the bacterial divisome.     
Nguyen HTV, Chen X, Parada C, Luo AC, Shih O, Jeng US, Huang CY, Shih YL, Ma C     
Nature Communications (2023)

Harnessing Fluorescent Moenomycin A Antibiotics for Bacterial Cell Wall Imaging Studies.     
Hsieh PY, Meng FC, Guo CW, Hu KH, Shih YL, Cheng WC     
ChemBioChem (2021)

Active Transport of Membrane Components by Self-Organization of the Min Proteins.     
Shih YL, Huang LT, Tu YM, Lee BF, Bau YC, Hong CY, Lee HL, Shih YP, Hsu MF, Lu ZX, Chen JS, Chao L     
Biophysical Journal (2019)

Quantitative Proteomics Analysis Reveals the Min System of Escherichia coli Modulates Reversible Protein Association with the Inner Membrane.     
Lee HL, Chiang IC, Liang SY, Lee DY, Chang GD, Wang KY, Lin SY, Shih YL     
Molecular & Cellular Proteomics (2016)

Self-Assembly of MinE on the Membrane Underlies Formation of the MinE Ring to Sustain Function of the Escherichia coli Min System.     
Zheng M, Chiang YL, Lee HL, Kong LR, Hsu ST, Hwang IS, Rothfield LI and Shih YL     
J Biol Chem (2014)

Direct MinE-membrane interaction contributes to the proper localization of MinDE in E. coli.     
Hsieh CW, Lai HM, Lin CC, Lin TY, Hsieh TS, Shih YL     
Molecular Microbiology (2010)

著作列表