核磁共振實驗室位於本所一樓, 設有一台Bruker 500 MHz (AVII500) 核磁共振儀以供本所研究人員蒐集氫譜,碳譜,磷譜,氟譜及其它核種之圖譜。AVII500 為本所及農業生物科技研究中心共同擁有。
AVII500 LC-NMR為生化所及農生中心共同擁有。此儀器配備有5mm QNP探頭以提供氫譜、碳譜、磷譜及氟譜之蒐集。