中央研究院 生物化學研究所

本設施備有數種的伺服器以因應各類生物資訊分析之需。例如自建的Galaxy伺服器具有友善之操作介面及龐大的生物分析工具庫，適合處理小規模數據之網路數據分析平台。Linux 伺服器擁有強大的運算速度及記憶體空間，適合高通量數據分析，如次世代基因體定序分析及基因體組裝。Linux伺服器目前安裝的主要工具包括基因體組裝器SPAdes/MaSuRCA、 核醣核酸序列定量分析器 Salmon、基因體註解器Maker、蛋白質/核苷酸序列比對器Blast+、真菌/細菌類基因叢集分析器AntiSMASH、16S rRNA序列分析器Muther等。此外，網路伺服器支援自建的網路應用程式，而R/Shiny伺服器則支援內建網路應用程式所需之統計運算及互動式統計圖。

進階資料分析服務的項目包括蛋白質體或基因體表現量差異分析、存活率分析、多變數存活率分析，熱圖、群叢分析、蛋白質相關體分析、網路分析、功能差異分析、基因型與外顯型相關分析、圓形關連圖、有母數/無母數統計法、邏輯迴歸分析、時間序列分析、機器學習等。

本設施提供針對公開型資料庫之資料探勘服務，如來自Genomic Data Common (GDC)之人類癌症基因圖譜資料庫、美國生物資訊研究中心(NCBI)之基因表現資料庫(GEO)及定序資料庫(SRA)、體細胞突變資料庫(COSMIC)、歐洲生物資訊研究所之蛋白質體資料庫(PRIDE)、及轉譯後修飾資料庫（dbPTM）等。本設施並開發網路工具以協助資料視覺化及資訊整合。

本設施參與合作研究計畫，協助建立高效率的分析流程以處理複雜及運算密集之數據分析。例如泛癌症基因圖譜分析、微生物體分析、基因選擇性剪接之鑑定與定量分析、自動化基因體組裝與註解等。