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研究主題：新穎蛋白質設計調控泛素系統

實驗室簡介

中央研究院生物化學研究所吳昆峯博士研究團隊（https://kpwulab.com/）以「蛋白質化學」為核心，研究泛素（ubiquitin）與泛素類似修飾（UBL）系統的活化、調控與功能機制，研究對象包括 E3 連接酶、去泛素酶（DUB）等泛素化修飾系統。泛素與泛素類似修飾系統的酵素本身即為近年最受關注的藥物標的家族之一。

本實驗室的研究架構建立在「計算設計—實驗驗證」的完整循環之上。AI 工具可在短時間內產生大量候選分子，但其價值必須經由蛋白質表現與純化、生物物理定量、生化重組反應與結構解析逐一檢證。計算設計平台於本實驗室已臻成熟，本次招募之職位將主導實驗驗證端，為決定研究品質與推進速度的關鍵角色。本實驗室所開發之設計蛋白質，除作為解析酵素活化與調控機制的分子工具外，亦具備發展為專一性抑制劑或標的蛋白降解劑（targeted protein degradation）之潛力。經生化重組與結構層次完整驗證的分子，將進一步與細胞生物學實驗室合作，推進至細胞模式與疾病模式之功能驗證。本職位所產出的分子與數據，即為銜接分子設計與轉譯應用的起點。

跨團隊合作

本職位並非單點的技術執行，而是跨越多個團隊的樞紐角色。分子產出與實驗數據將同時對接：

計算設計團隊——回饋親和力、專一性與結構資訊，驅動下一輪設計迭代
結構解析平台——冷凍電鏡、蛋白質結晶學與 NMR 之數據收集與結構解析
細胞生物學合作團隊——將經生化與結構驗證之分子導入細胞系統，檢驗其對泛素化修飾與下游訊息路徑之調控效果，並進一步延伸至疾病相關模式
國內外學術合作單位——共同推動方法開發與轉譯應用

我們期望每一個設計分子的驗證能貫穿「分子設計—生化重組—結構解析—細胞功能—疾病調控」的完整鏈條，而本職位正位於此一鏈條的核心。

研究環境

實驗平台包括冷凍電子顯微鏡、蛋白質結晶學、AI 加速之 NMR 數據收集與分析、HDX-MS、ITC/BLI，以及酵母菌表面呈現（yeast surface display, YSD）篩選與親和力成熟平台。近年成果發表於 ACS Synthetic Biology（2023）、JACS（2026）、Journal of Biological Chemistry（2025）、Journal of Molecular Biology（2023）與 Protein Science（2026）。

本實驗室獲多項中研院計畫補助，包括深耕計畫（2026–2030）、人工智慧與蛋白質設計計畫（2025–2027）、關鍵突破種子計畫（2026–2027，協同主持人），提供穩定的研究環境與多元的跨領域合作機會。

主要職責

蛋白質表現與純化（大腸桿菌／哺乳類細胞系統），建立穩定可重複、可交接的純化流程
以生物物理與生化方法（ITC、BLI、SEC-MALS、酵素動力學等）分析蛋白質性質與蛋白質—蛋白質交互作用
以冷凍電鏡、X 光晶體繞射或溶液態 NMR 解析目標蛋白與複合體結構
執行 YSD 文庫建構、FACS 篩選與親和力成熟，驗證並優化 AI 設計之結合體
將實驗數據回饋至設計循環，與計算設計團隊協作優化下一輪分子
與細胞生物學合作團隊共同規劃並執行細胞層級之功能驗證，將分子推進至疾病相關模式
撰寫論文、協助研究計畫申請，並參與國內外合作與學術交流